- s -

• CCopasiSpringLayout() : CCopasiSpringLayout
• CSBMLExporter() : CSBMLExporter
• CSBMLunit() : CSBMLunit
• CSBMLunitInformation() : CSBMLunitInformation
• CSBMLunitInterface() : CSBMLunitInterface
• CScanItem() : CScanItem
• CScanItemLinear() : CScanItemLinear
• CScanItemRandom() : CScanItemRandom
• CScanItemRepeat() : CScanItemRepeat
• CScanMethod() : CScanMethod
• CScanProblem() : CScanProblem
• CScanTask() : CScanTask
• CSEDMLExporter() : CSEDMLExporter
• CSensItem() : CSensItem
• CSensMethod() : CSensMethod
• CSensProblem() : CSensProblem
• CSensTask() : CSensTask
• CSlider() : CSlider
• CSparseMatrix() : CSparseMatrix
• CSparseMatrixElement() : CSparseMatrixElement
• CSpeciesOrderNode() : CEFMAlgorithm::CSpeciesOrderNode
• CSPImportanceIndex() : CCSPMethod
• CSPOutput() : CCSPMethod
• CSPParticipationIndex() : CCSPMethod
• CSPradicalPointer() : CCSPMethod
• CSSAMethod() : CSSAMethod
• CStackElement() : CMathDependencyNodeIterator::CStackElement , CNodeContextIterator< Node, Context >::CStackElement
• CStateTemplate() : CStateTemplate
• CStaticCallback() : CStaticCallback
• CStatistics() : CStatistics
• CSteadyStateMethod() : CSteadyStateMethod
• CSteadyStateProblem() : CSteadyStateProblem
• CSteadyStateTask() : CSteadyStateTask
• CStepMatrix() : CStepMatrix
• CStepMatrixColumn() : CStepMatrixColumn
• CStochasticRungeKuttaRI5() : CStochasticRungeKuttaRI5
• CStochDirectMethod() : CStochDirectMethod
• CStochMethod() : CStochMethod
• CStochNextReactionMethod() : CStochNextReactionMethod
• CStructureParser() : CStructureParser
• s_divide() : CEvaluationNodeOperator
• s_invalid() : CEvaluationNodeOperator
• s_minus() : CEvaluationNodeOperator
• s_modulus() : CEvaluationNodeOperator
• s_multiply() : CEvaluationNodeOperator
• s_plus() : CEvaluationNodeOperator
• s_power() : CEvaluationNodeOperator
• s_remainder() : CEvaluationNodeOperator
• sanitizeDataValue2DataObject() : CMathContainer
• sanitizeObjectName() : CDataObject
• sanitizeObjectNames() : CRegisteredCommonName
• sanitizeSBMLId() : CReaction
• save() : CConfigurationFile::CXML , CConfigurationFile , CCopasiXML , CCopasiXMLInterface , CFunctionDB , CMIRIAMInfo , CTimeSeries
• save1DAttributes() : CCopasiXML
• save2DAttributes() : CCopasiXML
• save_current_attributes() : CLLayoutRenderer
• saveAnnotation() : CCopasiXML
• saveArrowHeadAttributes() : CCopasiXML
• saveBoundingBox() : CCopasiXML
• saveColorDefinition() : CCopasiXML
• saveCurve() : CCopasiXML
• saveCurveElements() : CCopasiXML
• saveData() : CCopasiXMLInterface
• saveDataToFile() : CQBarChart
• saveDimensions() : CCopasiXML
• saveElement() : CCopasiXMLInterface
• saveEllipseElement() : CCopasiXML
• saveFunctionList() : CCopasiXML
• saveGlobalRenderInformation() : CCopasiXML
• saveGlobalStyle() : CCopasiXML
• saveGradientAttributes() : CCopasiXML
• saveGradientElements() : CCopasiXML
• saveGradientStop() : CCopasiXML
• saveGroupElement() : CCopasiXML
• saveGUI() : CCopasiXML
• saveImageElement() : CCopasiXML
• saveLayoutList() : CCopasiXML
• saveLinearGradient() : CCopasiXML
• saveLineEnding() : CCopasiXML
• saveListOfGlobalRenderInformation() : CCopasiXML
• saveListOfLocalRenderInformation() : CCopasiXML
• saveLocalRenderInformation() : CCopasiXML
• saveLocalStyle() : CCopasiXML
• saveModel() : CCopasiXML , CDataModel
• saveModelParameter() : CCopasiXML
• saveModelParameterSets() : CCopasiXML , CDataModel
• saveModelToString() : CDataModel
• saveParameter() : CCopasiXMLInterface
• saveParameterGroup() : CCopasiXMLInterface
• savePlotList() : CCopasiXML
• savePolygonElement() : CCopasiXML
• savePosition() : CCopasiXML
• saveRadialGradient() : CCopasiXML
• saveRectangleElement() : CCopasiXML
• saveRenderCurveElement() : CCopasiXML
• saveRenderInformationAttributes() : CCopasiXML
• saveRenderInformationDefinitionElements() : CCopasiXML
• saveRenderPoint() : CCopasiXML
• saveRenderTextElement() : CCopasiXML
• saveReportList() : CCopasiXML
• saveReportSection() : CCopasiXML
• saveSBMLReference() : CCopasiXML
• saveState() : CInternalSolver , CLsodaMethod2 , CLsodaMethod , CRadau5Method , CTimeSensLsodaMethod
• saveStyleAttributes() : CCopasiXML
• saveStyleElements() : CCopasiXML
• saveTaskList() : CCopasiXML
• saveTextAttributes() : CCopasiXML
• saveToDouble() : ResultParser
• saveToStream() : CModelParameterSet
• saveTransformation2D() : CCopasiXML
• saveTransformationAttributes() : CCopasiXML
• saveUnitDefinitionList() : CCopasiXML
• saveXhtml() : CCopasiXMLInterface
• SBML2Copasi() : CRDFGraphConverter
• sbmlId2CopasiCN() : SBMLImporter
• SBMLImporter() : SBMLImporter
• SBMLIncompatibility() : SBMLIncompatibility
• SBMLMapHandler() : SBMLMapHandler
• SbmlProgressCallback() : SbmlProgressCallback
• SBMLReference() : SBMLReference
• scalarmult() : CLyapWolfMethod
• scale() : CLayout , CLBoundingBox , CLCurve , CLDimensions , CLLineSegment , CLPoint
• scaleFactor() : CQBaseWidget
• scaleFromPrefix() : CBaseUnit
• scaleMCA() : CMCAMethod
• scaling_targetfunction() : CSensMethod
• scaling_variables() : CSensMethod
• scan() : CScanMethod
• schur() : CTSSAMethod
• schur_desc() : CTSSAMethod
• SCopasiXMLGUI() : SCopasiXMLGUI
• sec() : CEvaluationNodeFunction
• sech() : CEvaluationNodeFunction
• SEDMLImporter() : SEDMLImporter
• SedmlImportOptions() : SedmlImportOptions
• SedmlInfo() : SedmlInfo
• segment_data() : CLLayoutRenderer
• segments_intersect_2d() : CLLayoutRenderer
• select() : COptMethodEP , COptMethodGA , COptMethodGASR , COptMethodSRES
• separate() : CCopasiTask , CDataHandler , COutputHandler , COutputInterface , CReport , CTimeSeries
• separateProductArguments() : SBMLImporter
• serializechildren() : COptMethodSS
• serializepool() : COptMethodSS
• serializepop() : COptMethodGA
• serializeprob() : COptMethodSS
• serializerefset() : COptMethodSS
• serializevector() : COptMethodSS
• set() : CCopasiTaskStatus , CXMLAttributeList
• set_debug() : FlexLexer
• set_font_renderer() : CLLayoutRenderer
• setAbsoluteValue() : CLRelAbsVector
• setActive() : CPlotSpecification
• setActivity() : CPlotItem
• setAlpha() : BarColor , CLColorDefinition
• setAnnotation() : CDataArray
• setAnnotationM() : CCSPMethod , CILDMMethod , CILDMModifiedMethod , CTSSAMethod
• setAnnotationString() : CDataArray
• setAppend() : CReport
• setApplicationFont() : CConfigurationFile
• setAreaUnit() : CModel
• setArray() : CDataArray
• setAspect() : CLLayoutRenderer
• setAssignment() : CMathEvent::CAssignment
• setAssociatedEntityKey() : CSlider
• setAssumeDimensionlessOne() : CSBMLunitInterface
• setAutomaticStepSize() : CTrajectoryProblem
• setAvogadro() : CModel
• setAxes() : CQBarChart
• setBackgroundColor() : CLRenderInformationBase , CLRenderResolver
• setBase1() : CLLineSegment
• setBase2() : CLLineSegment
• setBasePoint1() : CLRenderCubicBezier
• setBasePoint1_X() : CLRenderCubicBezier
• setBasePoint1_Y() : CLRenderCubicBezier
• setBasePoint1_Z() : CLRenderCubicBezier
• setBasePoint2() : CLRenderCubicBezier
• setBasePoint2_X() : CLRenderCubicBezier
• setBasePoint2_Y() : CLRenderCubicBezier
• setBasePoint2_Z() : CLRenderCubicBezier
• setBit() : CZeroSet
• setBlankNodeId() : CRDFObject , CRDFSubject
• setBlue() : CLColorDefinition
• setBoundingBox() : CLGraphicalObject , CLLineEnding
• setCalculateStatistics() : COptProblem
• setCallBack() : CCopasiMethod , CCopasiProblem , CCopasiTask , CEFMProblem , CEFMTask , CFitProblem , CFitTask , CLNATask
• setCallback() : CMathEvent
• setCallBack() : CMCATask , CMoietiesTask , COptProblem , COptTask , COscillationProblem , COscillationTask , CSensMethod
• setCallParameter() : CFunctionParameterMap
• setCenter() : CLRadialGradient
• setCenter2D() : CLEllipse
• setCenter3D() : CLEllipse
• setChanged() : CMathDependencyNode
• setCharacterEncoding() : CXMLParser
• setChecked() : CCheckForUpdates
• setChemEqFromString() : CChemEqInterface
• setChemEqString() : CChemEqInterface , CReactionInterface
• setChild() : CCopasiNode< _Data >
• setChildren() : ConverterASTNode
• setCN() : CModelParameter , CModelParameterSpecies
• setCNs() : CReactionParameter
• setCoeff() : CRungeKutta
• setColors() : CQBarChart
• setColorValue() : CLColorDefinition
• setColorVector() : BarColor
• setComment() : CReportDefinition
• setCompareResult() : CModelParameter
• setCompartment() : CMetab
• setCompileFlag() : CModel
• setCompiler() : CJitExpression
• setCompleteInitialState() : CMathContainer
• setConcentration() : CMetab
• setConcentrationName() : CODEExporter , CODEExporterBM , CODEExporterC , CODEExporterXPPAUT
• setConfiguration() : CConfigurationFile::CXML
• setConfirmedCheckForUpdate() : CCheckForUpdates
• setConfirmOverwrite() : CReport
• setConflict() : CSBMLunitInformation , CValidatedUnit
• setConstant() : CNodeK
• setContinueFromCurrentState() : CScanProblem
• setContinueOnError() : CScanProblem
• setConvergenceOutTolerance() : CCrossSectionProblem
• setConvergenceTolerance() : CCrossSectionProblem
• setCoordinate() : CLRelAbsVector
• setCoordinates() : CLImage , CLLinearGradient , CLRadialGradient , CLRectangle , CLText
• setCoordinatesAndSize() : CLRectangle
• setCopasiMainWindow() : WizardDialog
• setCopasiModel() : SEDMLImporter
• setCopasiVector() : CDataArray
• setCorrectUsage() : SBMLImporter
• setCreatedDT() : CMIRIAMInfo
• setCreateParameterSets() : CFitProblem
• setCrossingsLimit() : CAnalyticsProblem , CCrossSectionProblem
• setCurrentAuthorEmail() : CConfigurationFile
• setCurrentAuthorFamilyName() : CConfigurationFile
• setCurrentAuthorGivenName() : CConfigurationFile
• setCurrentAuthorOrganization() : CConfigurationFile
• setCurrentIndex() : CUndoStack
• setCurrentTime() : CSEDMLExporter
• setCurrentVersion() : CModelVersionHierarchy
• setCurve() : CLGlyphWithCurve
• setCX() : CLEllipse
• setCY() : CLEllipse
• setCZ() : CLEllipse
• setDashArray() : CLGraphicalPrimitive1D
• setData() : CCopasiNode< _Data > , CEvaluationNodeCall , CEvaluationNodeObject , CQBarChart
• setDatamodel() : CCopasiXML
• setDataModel() : CSEDMLExporter
• setDatamodel() : CXMLParser
• setDataModel() : SEDMLImporter
• setDataObject() : CMathEvent::CTrigger::CRootProcessor , CMathObject
• setDataType() : CRDFLiteral
• setDate() : CModification
• setDeducedObjectRoles() : CLRenderResolver
• setDeduceSpeciesReferenceRoles() : CLLayoutRenderer
• setDefault() : CCopasiParameter
• setDelayAssignment() : CEvent
• setDelayExpression() : CEvent , CMathEvent
• setDelayExpressionPtr() : CEvent
• setDependsOnMoiety() : CMetab
• setDepth() : CLDimensions
• setDerivedElement() : ParameterGroupHandler
• setDescription() : CDataArray , CReference
• setDescriptions() : CQBarChart
• setDimensionality() : CCompartment
• setDimensionDescription() : CDataArray
• setDimensionLess() : CUnit
• setDimensions() : CLayout , CLBoundingBox , CLGraphicalObject , CLImage
• setDisabled() : CMathEvent
• setDisableJIT() : CConfigurationFile
• setDisplayName() : CMIRIAMResourceObject
• setDisplayPopulations() : CConfigurationFile
• setDivergenceRequested() : CLyapProblem
• setDoublePrecision() : CConfigurationFile
• setDuration() : CTrajectoryProblem , CTSSAProblem
• setEigenValueStatus() : CLNAMethod
• setEmail() : CCreator
• setEnableAdditionalOptimizationParameters() : CConfigurationFile
• setEnabled() : CCheckForUpdates , CRegisteredCommonName
• setEnableRotationalMapping() : CLLineEnding
• setEnd() : CLLineSegment
• setEndHead() : CLGroup , CLRenderCurve
• setEventCallback() : CAnalyticsTask , CCrossSectionTask
• setExperimentType() : CExperiment
• setExponent() : CUnitComponent
• setExponentNumber() : CLyapProblem
• setExportActivePlotsOnly() : CSEDMLExporter
• setExportCOPASIMIRIAM() : CSBMLExporter
• setExportExecutableTasksOnly() : CSEDMLExporter
• setExportName() : CODEExporterC
• setExportNameOfFunction() : CODEExporterC
• setExportSpecificPlots() : CSEDMLExporter
• setExpression() : CEventAssignment , CMathEvent::CTrigger , CMathObject , CModelEntity , CUnit , CUnitDefinition
• setExpressionPtr() : CEventAssignment , CMathObject , CModelEntity
• setFactor() : CMCAMethod
• setFamilyName() : CCreator
• setFast() : CReaction
• setFieldValue() : CRDFNode
• setFileName() : CDataModel , CExperiment , CExperimentFileInfo
• setFilename() : CFunctionDB
• setFillColor() : CLGraphicalPrimitive2D
• setFillRule() : CLGraphicalPrimitive2D
• setFireAtInitialTime() : CEvent
• setFirstRow() : CExperiment
• setFlagLimitConvergence() : CAnalyticsProblem , CCrossSectionProblem
• setFlagLimitCrossings() : CAnalyticsProblem , CCrossSectionProblem
• setFlagLimitOutConvergence() : CAnalyticsProblem , CCrossSectionProblem
• setFlagLimitOutCrossings() : CAnalyticsProblem , CCrossSectionProblem
• setFlagLimitOutTime() : CAnalyticsProblem , CCrossSectionProblem
• setFocalPoint() : CLRadialGradient
• setFogColor() : CLLayoutRenderer
• setFogDensity() : CLLayoutRenderer
• setFontFamily() : CLGroup , CLText
• setFontSize() : CLGroup , CLText
• setFontStyle() : CLGroup , CLText
• setFontWeight() : CLGroup , CLText
• setFunction() : CReaction
• setFunctionalRole() : CLMetabReferenceGlyph
• setFunctionAndDoMapping() : CReactionInterface
• setFunctionFromExpressionTree() : CReaction
• setFunctionList() : CCopasiXML , CXMLParser
• setFunctionSBMLIds() : CSBMLExporter
• setFunctionWithEmptyMapping() : CReactionInterface
• setGivenName() : CCreator
• setGlobalQuantityCN() : CModelParameterReactionParameter
• setGraphicalObjectKey() : CLTextGlyph
• setGreen() : CLColorDefinition
• setGroup() : CLLineEnding , CLStyle
• setGUI() : CCopasiXML , CXMLParser
• setHandler() : CSBMLExporter
• setHasNoise() : CModelEntity , CReaction , CReactionInterface
• setHeaderRow() : CExperiment
• setHeight() : CLDimensions , CLGraphicalObject , CLImage , CLRectangle
• setHighlightColor() : CLLayoutRenderer
• setHighlightedObjects() : CLLayoutRenderer
• setHighlightFlag() : CLLayoutRenderer
• setHistory() : CMathContainer
• setId() : CBiologicalDescription , CLColorDefinition , CLGradientBase , CLLineEnding , CMIRIAMResourceObject , CRDFNode , CReference
• setIgnoreProblemData() : CCopasiTask
• setIgnoreStop() : CProcessReport , CProcessReportLevel
• setImageReference() : CLImage
• setImageTexturizer() : CLLayoutRenderer
• setImportCOPASIMIRIAM() : SBMLImporter
• setImportHandler() : SBMLImporter , SEDMLImporter
• setIndex() : CNodeK
• setInfix() : CEvaluationTree , CExpression , CFunction , CMassAction
• setInfo() : CSBMLunitInformation
• setInitialConcentration() : CMetab
• setInitialExpression() : CModelEntity , CModelParameter
• setInitialExpressionPtr() : CModelEntity
• setInitialized() : CCopasiTaskStatus
• setInitialState() : CMathContainer
• setInitialStepSize() : CRungeKutta
• setInitialTime() : CModel
• setInitialValue() : CModelEntity
• setInitialValues() : SBMLImporter
• setIntervalUpdateSequence() : COptItem
• setIsBezier() : CLLineSegment
• setIsBoolean() : CExpression
• setIsGUI() : CCopasiMessage
• setIsRowOriented() : CExperiment
• setIsStateValue() : CMathEvent::CAssignment
• setIsTable() : CReportDefinition
• setIsUsed() : CFunctionParameter
• setIterator() : CStepMatrixColumn
• setJacobianRequested() : CSteadyStateProblem
• SetJitBufferSize() : CJitCompilerImplementation
• setKeyList() : CLLocalStyle
• setKind() : CUnitComponent
• setKineticLawUnitType() : CReaction , CReactionInterface
• setLanguage() : CRDFLiteral
• setLastRow() : CExperiment
• setLayoutList() : CCopasiXML , CXMLParser
• setLeft() : CNodeK
• setLegend() : CQBarChart
• setLengthUnit() : CModel
• setLevelAndVersion() : CSEDMLExporter , SBMLUnitSupport
• setLexicalData() : CRDFLiteral
• setLibCombineTempDir() : SEDMLUtils
• setListType() : CSensItem
• setLiteral() : CRDFObject
• setLocal() : CReactionInterface
• setLocalValue() : CFitItem , CReactionInterface
• setLogX() : CPlotSpecification
• setLogY() : CPlotSpecification
• setLowerBound() : COptItem
• setMapping() : CReactionInterface
• setMaster() : COutputHandler , CPointerContext< Data > , CPointerContextWithParent< Data >
• setMathContainer() : CCopasiMethod , CCopasiProblem , CCopasiTask , CMathUpdateSequence
• setMathContext() : CPointerMathContext< Data >
• setMatrix() : CLTransformation2D , CLTransformation
• setMatrix2D() : CLTransformation2D
• setMaximize() : COptProblem
• setMaxValue() : CSlider
• setMetabGlyphKey() : CLMetabReferenceGlyph
• setMetabolite() : CChemEqElement
• setMethodType() : CCopasiTask
• setMinValue() : CSlider
• setMiriamAnnotation() : CAnnotation
• setMIRIAMCitation() : CMIRIAMResource
• setMIRIAMDisplayName() : CMIRIAMResource
• setMIRIAMLastUpdateDate() : CMIRIAMResources
• setMIRIAMNamespaceEmbeddedInPattern() : CMIRIAMResource
• setMIRIAMPattern() : CMIRIAMResource
• setMIRIAMResources() : CMIRIAMResourceObject
• setMIRIAMUpdateFrequencyInDays() : CMIRIAMResources
• setMIRIAMURI() : CMIRIAMResource
• setMode() : CDataArray
• setModel() : CCopasiProblem , CCopasiXML , CModelAdd , CModelExpansion , CModelExpansion::SetOfModelElements , CModelMerging , CModelParameterSet , Expression2PresentationMML
• setModelId() : CSEDMLExporter
• setModelObjectKey() : CLGraphicalObject
• setModelType() : CModel
• setModulus() : CRandom
• setMultiplicity() : CChemEq , CChemEqElement
• setMultiplier() : CUnitComponent
• setName() : CLRenderInformationBase , CNodeK , CProcessReport , CProcessReportLevel , CXMLAttributeList , VariableInfo
• setNode() : CMIRIAMResourceObject
• setNoiseExpression() : CModelEntity , CReaction , CReactionInterface
• setNoiseExpressionPtr() : CModelEntity , CReaction
• setNormalizePerExperiment() : CConfigurationFile
• setNormalizeWeightsPerExperiment() : CExperiment
• setNotes() : CAnnotation
• setNumCols() : CExperimentObjectMap
• setNumColumns() : CExperiment
• setObject() : CRDFNode , CReactionParameter
• setObjectCN() : CExperimentObjectMap::CDataColumn , CExperimentObjectMap , COptItem
• setObjectiveFunction() : COptProblem
• setObjectName() : CDataObject
• setObjectNameVector() : CReportTable
• setObjectParent() : CCopasiParameter , CDataObject , CEvent , CEventAssignment , CMetab , CModel , CModelEntity , CModelParameterSet , CMoiety , CReaction
• setObjectRole() : CLGraphicalObject
• setObjects() : CReactionParameter
• setObjectValuePtr() : CEvaluationNodeObject
• setODEName() : CODEExporter , CODEExporterBM , CODEExporterC , CODEExporterXPPAUT
• setOffset() : CLGradientStop
• setOffsets() : CLRenderPoint
• setOldIndex() : CNodeK
• setOperation() : CExpressionGenerator
• setOptItemStartValues() : ResultData
• setORG() : CCreator
• setOriginalValue() : CSlider
• setOstream() : CInternalSolver , Cxerrwd
• setOutCrossingsLimit() : CCrossSectionProblem
• setOutputEvent() : CTrajectoryProblem
• setOutputInSubtask() : CScanProblem
• setOutputStartTime() : CTrajectoryProblem , CTSSAProblem
• setpar_() : CTruncatedNewton
• setParameterCNs() : CReaction
• setParameterObject() : CReaction
• setParameterObjects() : CReaction
• setParameters() : COptProblem
• setParameterValue() : CReaction
• setParent() : CCopasiNode< _Data > , CModelParameter
• setPersistentTrigger() : CEvent
• setPlotList() : CCopasiXML
• setPlotTitle() : CQBarChart
• setPoint1() : CLLinearGradient
• setPoint2() : CLLinearGradient
• setPosition() : CLBoundingBox , CLGraphicalObject
• setPositiveDirection() : CAnalyticsProblem , CCrossSectionProblem
• setPrecision() : CReportDefinition
• setPredicate() : CBiologicalDescription
• setPrintTitle() : CReportTable
• setPriorityExpression() : CEvent , CMathEvent
• setPriorityExpressionPtr() : CEvent
• setProblem() : CLyapMethod , CMoietiesMethod , COptMethod , COscillationMethod , CScanMethod , CTimeSensMethod , CTrajectoryMethod , CTSSAMethod
• setProcessingModes() : CMathDependencyNodeIterator , CNodeContextIterator< Node, Context >
• setProductStyle() : CCellDesignerImporter
• setProxyPassword() : CConfigurationFile
• setProxyPort() : CConfigurationFile
• setProxyServer() : CConfigurationFile
• setProxyUser() : CConfigurationFile
• setQuantityUnit() : CModel
• setRadii() : CLEllipse , CLRectangle
• setRadius() : CLRadialGradient
• setRadiusX() : CLRectangle
• setRadiusY() : CLRectangle
• setRandomizeStartValues() : COptProblem
• setRate() : CModelEntity
• setReaction() : Expression2PresentationMML
• setReactionScheme() : CReaction
• setRecentMIRIAMResources() : CConfigurationFile
• setRed() : CLColorDefinition
• setReference() : CDataObjectReference< CType >
• setReferenceRenderInformationKey() : CLRenderInformationBase
• setRelativeValue() : CLRelAbsVector
• setReportDefinition() : CReport
• setReportFileName() : SedmlInfo
• setReportList() : CCopasiXML
• setRequested() : CMathDependencyNode
• setReservedNames() : CODEExporter , CODEExporterBM , CODEExporterC , CODEExporterXPPAUT
• setResidualsRequired() : CFitProblem
• setResizeToContents() : CConfigurationFile
• setResource() : CBiologicalDescription , CRDFObject , CRDFSubject , CReference
• setReversibility() : CChemEq , CChemEqInterface , CReactionInterface
• setReversible() : CFunction , CReaction
• setRGBA() : CLColorDefinition
• setRight() : CNodeK
• setRole() : CExperimentObjectMap::CDataColumn , CExperimentObjectMap , CLMetabReferenceGlyph , CLReferenceGlyph
• setRoleList() : CLStyle
• setRoot() : CEvaluationTree , CMathExpression
• setRootMaskType() : CLsodaMethod , CRadau5Method , CTimeSensLsodaMethod
• setRow() : CMathHistoryCore
• setRX() : CLEllipse
• setRY() : CLEllipse
• setSBMLDocument() : CCellDesignerImporter
• setSBMLFileName() : CDataModel
• setSBMLId() : CEvent , CFunction , CModelEntity , CReaction
• setSBMLNamespaces() : CSEDMLExporter
• setSBMLNotes() : CSBMLExporter
• setScale() : CExperimentObjectMap::CDataColumn , CExperimentObjectMap , CQBarChart , CUnitComponent
• setScaling() : CSlider
• setScalingCompartment() : CReaction , CReactionInterface
• setScalingCompartmentCN() : CReaction
• setScalingFactor() : CReaction
• setScheduled() : CCopasiTask
• setSectionContent() : ReportSectionHandler
• setSEDMLDocument() : SEDMLImporter
• setSEDMLFileName() : CDataModel
• setSelection() : CExpressionGenerator
• setSelectionBox() : CLLayoutRenderer
• setSeparate() : CDataHandler
• setSeparator() : CExperiment , CReportDefinition , CReportTable , CTableCell
• setSibling() : CCopasiNode< _Data >
• setSimulationType() : CMathObject , CModelParameter
• setSingleObjectCN() : CAnalyticsProblem , CCrossSectionProblem , CSensItem
• setSize() : CLRectangle
• setSkipModelImport() : SedmlImportOptions
• setSkipVersion() : CCheckForUpdates
• setSlider() : CQBarChart , CQBaseWidget
• setSliderActive() : CQBaseWidget
• setSliderObject() : CSlider
• setSliderType() : CSlider
• setSliderValue() : CSlider
• setSolution() : CFitProblem , COptProblem
• setSpeciesGlyphId() : CCellDesignerImporter
• setSpeciesReferenceId() : CCellDesignerImporter
• setSpreadMethod() : CLGradientBase
• setStabilityAnalysisRequested() : CSteadyStateProblem
• setStart() : CLLineSegment
• setStartHead() : CLGroup , CLRenderCurve
• setStartInSteadyState() : CTrajectoryProblem
• setStartValue() : COptItem
• setState() : CAbstractLayoutInterface , CCopasiSpringLayout , CMathContainer
• setStatRecord() : CRungeKutta
• setStatus() : CFunctionAnalyzer::CValue , CModelEntity
• setSteadyStateRequested() : CLNAProblem , CMCAProblem
• setSteadyStateResolution() : CLNAMethod , CMCAMethod
• setSteadyStateStatus() : CLNAMethod
• setSteadyStateTask() : CMCAMethod
• setStepNumber() : CTrajectoryProblem , CTSSAProblem
• setStepSize() : CTrajectoryProblem , CTSSAProblem
• setStopColor() : CLGradientStop
• setString() : CVersion
• setStroke() : CLGraphicalPrimitive1D
• setStrokeWidth() : CLGraphicalPrimitive1D
• setSubject() : CRDFNode
• setSubtask() : CScanProblem
• setSubtaskType() : COptProblem
• setSubTaskType() : CSensProblem
• setSubtype() : CNodeK
• setSymbol() : CUnitDefinition , VariableInfo
• setSynced() : CSlider
• setTable() : CReportBody
• setTag() : CLBase
• setTarget() : CMathEvent::CAssignment , CReport
• setTargetCN() : CEventAssignment
• setTargetFunctions() : CSensProblem
• setTargetGlyphKey() : CLReferenceGlyph
• setTargetValues() : CMathEvent
• setTaskList() : CCopasiXML
• setTaskStartValues() : ResultData
• setTaskType() : CReportDefinition
• setTaskTypes() : CPlotSpecification
• setTerm() : VariableInfo
• setText() : CLText , CLTextGlyph
• setTextAnchor() : CLGroup , CLText
• setThreshold() : CAnalyticsProblem , CCrossSectionProblem , CCrossValidationSet
• setTickFactor() : CSlider
• setTickNumber() : CSlider
• setTime() : CModel
• setTimeLimit() : CAnalyticsProblem , CCrossSectionProblem
• setTimeSeriesRequested() : CTrajectoryProblem , CTSSAProblem
• setTimeUnit() : CModel
• setTitle() : CPlotItem , CReportDefinition
• setTransientTime() : CLyapProblem
• setTransitionTime() : CMetab
• setTree() : CEvaluationNode , CEvaluationTree
• setTreshold() : CSparseMatrix
• setTriggerExpression() : CEvent , CMathEvent
• setTriggerExpressionPtr() : CEvent
• setType() : CCopasiTask , CEvaluationTree , CEvent , CExpressionGenerator , CFunctionParameter , CNodeK , CPlotItem , CRDFLiteral , CRDFObject , CRDFSubject , CVCard
• setTypeList() : CLStyle
• setucr_() : CTruncatedNewton
• setUnit() : CEvaluationNode , CEvaluationNodeCall , CEvaluationNodeChoice , CEvaluationNodeDelay , CEvaluationNodeFunction , CEvaluationNodeLogical , CEvaluationNodeOperator , CEvaluationNodeVector
• setUnitExpression() : CModelEntity
• setUnitInterface() : Expression2PresentationMMLUnits
• setUnits() : CUnitValidator
• setup() : CUnitDefinition
• setUpdateModel() : CCopasiTask
• setupDependencyGraph() : CHybridMethod , CStochMethod
• setupMetab2React() : CHybridMethod
• setupPartition() : CHybridMethod
• setUpperBound() : COptItem
• setupPriorityQueue() : CHybridMethod , CStochNextReactionMethod
• setURI() : CMIRIAMResourceObject , CRDFPredicate
• setURL() : SBMLReference
• setUsage() : CFunctionParameter
• setUseAdvancedEditing() : CConfigurationFile
• setUseAdvancedSliders() : CConfigurationFile
• setUsed() : CModelEntity
• setUseOpenGL() : CConfigurationFile
• setUseReactionNameInLocalParameters() : Expression2PresentationMML
• setUserInterfaceFlag() : CCopasiParameter , CCopasiParameterGroup
• setUserOrder() : CStateTemplate
• setUseTimeSens() : CFitProblem
• setUseValues() : CTrajectoryProblem
• setUuid() : CUndoObjectInterface
• setValidateUnits() : CConfigurationFile
• setValidValues() : CCopasiParameter
• setValue() : CCopasiParameter , CCopasiParameterGroup , CFunctionAnalyzer::CValue , CModelEntity , CModelParameter , CModelParameterCompartment , CModelParameterSpecies , COptions::COptionValue , COptions , CXMLAttributeList
• setValues() : CFittingPoint , CMathContainer , CTrajectoryProblem
• setValueType() : CEvaluationNode , CEvaluationNodeCall , CEvaluationNodeChoice , CEvaluationNodeVariable , CMathObject
• setVectors() : CCSPMethod , CILDMMethod , CILDMModifiedMethod , CTSSAMethod
• setVectorsToNaN() : CCSPMethod
• setVersion() : CVersion
• setVolumeUnit() : CModel
• setVTextAnchor() : CLGroup , CLText
• setWeight() : CCrossValidationSet
• setWeightMethod() : CExperiment
• setWidth() : CLDimensions , CLGraphicalObject , CLImage , CLRectangle
• setWorkingDirectory() : CConfigurationFile
• setX() : CLGraphicalObject , CLImage , CLLayoutRenderer , CLPoint , CLRectangle , CLRenderPoint , CLText
• setXOffset() : CLRenderPoint
• setXpath() : VariableInfo
• setY() : CLGraphicalObject , CLImage , CLLayoutRenderer , CLPoint , CLRectangle , CLRenderPoint , CLText
• setYOffset() : CLRenderPoint
• setZ() : CLImage , CLPoint , CLRectangle , CLRenderPoint , CLText
• setZOffset() : CLRenderPoint
• setZoom() : CQBarChart
• setZoomFactor() : CLLayoutRenderer
• sFun() : COptMethodTruncatedNewton
• shallowCopy() : ConverterASTNode
• showColorLegend() : CQBarChart
• showEvent() : CQBarChart
• showItemIssues() : CConfigurationFile
• showLegend() : CQBarChart
• shuffle() : CPermutation
• sign() : CEvaluationNodeFunction
• signalMathContainerChanged() : CCopasiMethod , CCopasiProblem , CCopasiTask , COptMethod , CTimeSensMethod , CTimeSensTask , CTrajectoryMethod , CTrajectoryTask
• signalMethodChanged() : CCopasiTask , CTimeSensTask , CTrajectoryTask
• simpleCall() : CModelAdd , CModelExpansion , CModelMerging
• simplifyNode() : CEvaluationNode , CEvaluationNodeFunction , CEvaluationNodeOperator
• size() : CArray , CArrayInterface , CBitPatternTree , CCallParameters< Type > , CContext< Data > , CCopasiMessage , CCopasiParameterGroup , CDataArray , CDataVector< CType > , CEvaluationTree , CFluxMode , CFunctionParameters , CIndexedPriorityQueue , CMathHistoryCore , CMathUpdateSequence , CMatrix< CType > , CMatrixInterface< MatrixType > , CModelParameterGroup , CModelVersionHierarchy , CReactionInterface , CStateTemplate , CTableauMatrix , CTableRow , CUndoStack , CVectorCore< CType > , CVectorInterface< VectorType > , CXMLAttributeList
• skip() : CXMLAttributeList
• skipChildren() : CMathDependencyNodeIterator , CNodeContextIterator< Node, Context >
• skipModelImport() : SedmlImportOptions
• skippedEntity() : CStructureParser
• skippedEntityHandler() : CExpatTemplate< CType >
• skipTo() : ResultParser
• skipVersion() : CCheckForUpdates
• SliderHandler() : SliderHandler
• sliderMoved() : CQBarChart , CQBaseWidget
• SLVS() : SLVS
• SLVSFunctor() : SLVSFunctor< CType >
• smadd() : CCSPMethod
• sminverse() : CCSPMethod
• smmult() : CCSPMethod
• smnorm() : CCSPMethod
• smsubst() : CCSPMethod
• solout() : CRadau5Method
• solve() : CLeastSquareSolution
• sOperation() : CExpressionGenerator::sOperation
• sort() : CExperimentSet
• sortRefSet() : COptMethodSS
• SourceParameterHandler() : SourceParameterHandler
• SpeciesAlias() : SpeciesAlias
• SpeciesAnnotation() : SpeciesAnnotation
• SpeciesIdentity() : SpeciesIdentity
• SpeciesModification() : SpeciesModification
• speciesModificationTypeToEnum() : CCellDesignerImporter
• SpeciesState() : SpeciesState
• split() : CCommonName , ResultParser
• splitBranch() : CEvaluationNode
• splitColumns() : CStepMatrix
• splitDisplayName() : CMetabNameInterface
• splitFunction() : CFunction
• splitPatterns() : CBitPatternTreeNode
• splitString() : CCellDesignerImporter
• splitStrings() : SEDMLUtils
• stabilityAnalysis() : CEigen
• start() : CCopasiTimer , CCSPMethod , CharacterDataHandler , CHybridMethod , CHybridMethodODE45 , CHybridNextReactionLSODAMethod , CHybridNextReactionRKMethod , CILDMMethod , CILDMModifiedMethod , CLsodaMethod2 , CLsodaMethod , CLyapMethod , CLyapWolfMethod , CMathEventQueue , CommentHandler , CRadau5Method , CStochasticRungeKuttaRI5 , CStochDirectMethod , CStochMethod , CTauLeapMethod , CTimeSensLsodaMethod , CTimeSensMethod , CTrajAdaptiveSA , CTrajectoryMethod , CTrajectoryMethodDsaLsodar , CTSSAMethod , CXMLHandler , MiriamAnnotationHandler , UNKNOWNHandler , UnsupportedAnnotationHandler
• startCdataSectionHandler() : CExpatTemplate< CType >
• startDoctypeDeclHandler() : CExpatTemplate< CType >
• startDocument() : CStructureParser
• startElement() : CStructureParser
• startElementHandler() : CExpatTemplate< CType >
• startNamespaceDeclHandler() : CExpatTemplate< CType >
• startSaveElement() : CCopasiXMLInterface
• state() : CMathDependencyNodeIterator
• stateChange() : CHybridMethodODE45 , CHybridNextReactionLSODAMethod , CLsodaMethod2 , CLsodaMethod , CRadau5Method , CStochasticRungeKuttaRI5 , CStochDirectMethod , CTimeSensLsodaMethod , CTimeSensMethod , CTrajectoryMethod , CTrajectoryMethodDsaLsodar
• StateTemplateHandler() : StateTemplateHandler
• StateTemplateVariableHandler() : StateTemplateVariableHandler
• stateToIntialState() : CModel
• StdException() : StdException
• step() : CCSPMethod , CHybridMethod , CHybridMethodODE45 , CILDMMethod , CILDMModifiedMethod , CLayoutEngine , CLsodaMethod2 , CLsodaMethod , CLyapMethod , CLyapWolfMethod , CRadau5Method , CScanItem , CScanItemLinear , CScanItemRandom , CScanItemRepeat , CStochasticRungeKuttaRI5 , CStochDirectMethod , CStochMethod , CTauLeapMethod , CTimeSensLsodaMethod , CTimeSensMethod , CTrajAdaptiveSA , CTrajectoryMethod , CTrajectoryMethodDsaLsodar , CTSSAMethod
• stepIntegration() : CLayoutEngine
• storeDataAfter() : CDataHandler
• storeDataBefore() : CDataHandler
• storeDataDuring() : CDataHandler
• storeExtendedTimeSeriesData() : CExperiment
• storeValue() : CScanItem
• StyleHandler() : StyleHandler
• SubstrateHandler() : SubstrateHandler
• subtract() : CDerive
• subType() : CEvaluationNode
• suffix() : CDirEntry
• suitableForStochasticSimulation() : CModel
• suitableFunctions() : CFunctionDB
• sumOfExponents() : CLyapTask
• sumOfSquares() : CExperiment
• sumOfSquaresStore() : CExperiment
• svsort() : CPraxis
• swap() : CCopasiParameterGroup , CDataVector< CType > , CFunctionParameters , COptMethodEP , COptMethodGA , COptMethodGASR , COptMethodSRES
• swapNodes() : CIndexedPriorityQueue
• swapOptItem() : COptProblem
• switch_streams() : CChemEqParser , CEvaluationLexer , CUnitParser , FlexLexer , yyFlexLexer
• sylvester() : CTSSAMethod
• symbolFromSed() : SEDMLUtils
• SymbolicExponent() : CSBMLunit::SymbolicExponent
• symbolToSed() : SEDMLUtils
• sync() : CExperimentFileInfo , CMathContext , CSlider , CTrajectoryProblem , CTSSAProblem
• syscall() : CRandom