- a -

• acoth() : CEvaluationNodeFunction
• acsch() : CEvaluationNodeFunction
• active() : CContext< Data >
• add() : CDataContainer , CDataVector< CType > , CDataVectorN< CType > , CDerive , CFunctionDB , CFunctionParameters , CKeyFactory , CKeyFactory::HashTable , CLyapWolfMethod , CModelExpansion::ElementsMap , CModelParameterGroup , CModelParameterSet , CMoiety , CompartmentInfo , CStateTemplate , CStepMatrix , CUndoData::CChangeSet , CUnitDefinitionDB , CValidity , CXMLAttributeList , SBMLReference
• add2DDataArrayToVector() : COutputAssistant
• addAfterName() : CDataHandler
• addAllPositions() : CCellDesignerImporter
• addAnalysisEvent() : CMathContainer
• addAnalysisObject() : CMathContainer
• addAndAdaptName() : CFunctionDB
• addAssignment() : CMathEvent , CMathEventQueue
• addBeforeName() : CDataHandler
• addCalculation() : CMathEventQueue
• addCallParameter() : CFunctionParameterMap
• addChannel() : CPlotItem
• addChild() : CCopasiNode< _Data > , CEvaluationNodeCall , CEvaluationNodeVector , CModelVersionHierarchy
• addChildElement() : CLGroup
• addChildren() : CEvaluationNode
• addColorDefinition() : CLRenderInformationBase
• addColumn() : CStepMatrix
• addCompartment() : CModelExpansion::SetOfModelElements
• addCompartmentGlyph() : CLayout
• addCompartments() : CModelAdd
• addCompartmentsExpressions() : CModelAdd
• addCompartmentVariables() : CCopasiSpringLayout
• addComponent() : CUnit
• addCopasiFileToArchive() : CDataModel
• addCrossValidation() : CFitItem
• addCurveElement() : CLRenderCurve
• addCurveSegment() : CLCurve
• addCurveToCopasiPlot() : SEDMLImporter
• addDatamodel() : CRootContainer
• addDefaultCreatedDT() : CMIRIAMInfo
• addDefaultCreator() : CMIRIAMInfo
• addDefaultReports() : CDataModel
• addDefaultTasks() : CDataModel
• addDependency() : CCellDesignerImporter
• addDependent() : CDependencyGraph , CDependencyGraphNode , CMathDependencyNode
• addDependentItem() : COptItem
• addDeprecatedURL() : CMIRIAMResource
• addDuringName() : CDataHandler
• addEdge() : CRDFNode
• addElement() : CChemEq , CLPolygon
• addElementReference() : CDataArray
• addEvent() : CModelExpansion::SetOfModelElements
• addEvents() : CModelAdd
• addExperiment() : CExperimentSet , CFitItem
• addFile() : CRecentFiles
• addFitConstraint() : CFitProblem
• addFitItem() : CFitProblem
• addFix() : CKeyFactory , CKeyFactory::HashTable , CXMLHandler
• addGeneralGlyph() : CLayout
• addGlobalQuantity() : CModelExpansion::SetOfModelElements
• addGlobalRenderInformation() : CListOfLayouts
• addGradientDefinition() : CLRenderInformationBase
• addGradientStop() : CLGradientBase
• addGroup() : CCopasiParameterGroup
• addInitialAssignmentsToModel() : CSBMLExporter
• addInterface() : COutputHandler
• addIssue() : CDataObject
• addItem() : CProcessReport , CProcessReportLevel
• AdditionalGraphicalObjectHandler() : AdditionalGraphicalObjectHandler
• addKey() : CLLocalStyle
• addKeyToMap() : CLRenderResolver
• addLayout() : CListOfLayouts
• addLine() : CTableauMatrix
• addLineEnding() : CLRenderInformationBase
• addLocalRenderInformation() : CLayout
• addMatrixReference() : CDataContainer
• addMetab() : CModelExpansion::SetOfModelElements
• addMetabolite() : CChemEq , CCompartment
• addMetaboliteGlyph() : CLayout
• addMetabolites() : CModelAdd
• addMetabolitesExpressions() : CModelAdd
• addMetabReferenceGlyph() : CLReactionGlyph
• addMetaDataProperty() : CUndoData
• addMIRIAMResource() : CMIRIAMResources
• addMode() : CBitPatternMethod , CBitPatternTreeMethod
• addModel() : CDataModel
• addModelEntity() : CModel
• addModelValues() : CModelAdd
• addModelValuesExpressions() : CModelAdd
• addModifier() : CChemEqInterface , CReaction
• addName() : CDataHandler
• addNameSpace() : CRDFGraph
• addNode() : CDependencyGraph
• addNoiseInputObject() : CMathContainer
• addObject() : CMathDependencyGraph , CModelExpansion::SetOfModelElements , CReactionParameter
• addObjectReference() : CDataContainer
• addOptConstraint() : COptProblem
• addOptItem() : COptProblem
• addParameter() : CCopasiParameterGroup
• addParameterCN() : CTimeSensProblem
• addParameterObject() : CReaction
• addPendingAction() : CMathEvent
• addPositionVariables() : CCopasiSpringLayout
• addPostProcessData() : CUndoData
• addPreProcessData() : CUndoData
• addPrerequisite() : CMathDependencyNode
• addProduct() : CReaction
• addProperty() : CData , CUndoData
• addProteinModifications() : CCellDesignerImporter
• addReaction() : CModelExpansion::SetOfModelElements
• addReactionGlyph() : CLayout
• addReactions() : CModelAdd
• addReactionVariables() : CCopasiSpringLayout
• addReference() : CDataObject
• addReferenceGlyph() : CLGeneralGlyph
• addReport() : CDataModel
• addRole() : CLStyle
• addSBMLAttributes() : CLGradientBase , CLGraphicalPrimitive1D , CLGraphicalPrimitive2D , CLRenderInformationBase , CLRenderPoint , CLStyle , CLTransformation2D
• addScanItem() : CScanProblem
• addSets() : SedmlInfo
• addSibling() : CCopasiNode< _Data >
• addSpecies() : CModelParameterCompartment
• addStyle() : CLGlobalRenderInformation , CLLocalRenderInformation
• addSubglyph() : CLGeneralGlyph
• addSubstrate() : CReaction
• addSurfaceToCopasiPlot() : SEDMLImporter
• addTableElement() : CReportDefinition
• addTargetCN() : CTimeSensProblem
• addTask() : CDataModel
• addTaskType() : CPlotSpecification
• addTextGlyph() : CLayout
• addToDataGenerator() : VariableInfo
• addToMultiplicity() : CChemEqElement
• addToSelection() : CLLayoutRenderer
• addTriplet() : CRDFGraph
• addTripletToGraph() : CRDFNode
• addType() : CLStyle
• addUnsupportedAnnotation() : CAnnotation
• addValueObject() : CMathDelay
• addVariable() : CFunction
• addVariables() : CSensProblem
• addVectorReference() : CDataContainer
• addVersion() : CModelVersionHierarchy
• adjust_value() : CLGradientStops
• adjustForEmptyLines() : CExperimentFileInfo
• adjustForIntervals() : COptProblem
• adjustStartValue() : COptProblem
• adjustStartValuesForIntervals() : COptProblem
• advanceStep() : CRungeKutta
• allocate() : CMathContainer , CMathEvent , CMathEvent::CTrigger , CTimeSeries
• allocateData() : CDataValue
• allocateDiscontinuous() : CMathEvent::CTrigger
• allocateMiriamInfo() : CAnnotation
• allocateSpace() : CRungeKutta
• allocateValidValues() : CCopasiParameter
• allocateValue() : CCopasiParameter
• allPositive() : CSteadyStateMethod
• analyse_render_information() : CLLayoutRenderer
• analyzeRoots() : CMathContainer
• angle() : CCellDesignerImporter
• annotations() : CEnumAnnotation< Type, Enum >
• append() : CReport
• appendAllDependents() : CMathDependencyGraph , CModel
• appendData() : CData , CUndoData
• appendDelays() : CMathObject
• appendDeletedDependentData() : CDataContainer
• appendDependentAssignments() : CEvent
• appendDependentFunctions() : CFunctionDB
• appendDependentTasks() : CDataModel
• appendDependentUnits() : CUnitDefinitionDB
• appendDirectDependents() : CMathDependencyGraph , CModel
• appendMetaData() : CUndoData
• appliesTo() : CLLocalStyle , CLStyle , CPlotSpecification , ResultData
• apply() : CUndoData
• applyActiveParameterSet() : CModel
• applyAlgorithm() : SEDMLImporter
• applyColumnPivot() : CLinkMatrix
• applyConversionFactors() : SBMLImporter
• applyData() : CAnnotation , CArrayElementReference , CBiologicalDescription , CCompartment , CCopasiParameter , CCopasiParameterGroup , CCopasiTask , CCreator , CDataContainer , CDataModel , CDataObject , CDataVector< CType > , CDataVectorN< CType > , CEvaluationTree , CEvent , CEventAssignment , CFittingPoint , CFunction , CFunctionParameter , CLayout , CLColorDefinition , CLCompartmentGlyph , CLGeneralGlyph , CLGlobalRenderInformation , CLGlobalStyle , CLGradientBase , CLGradientStop , CLGraphicalObject , CLLineEnding , CLLocalRenderInformation , CLLocalStyle , CLMetabGlyph , CLMetabReferenceGlyph , CLReactionGlyph , CLReferenceGlyph , CLTextGlyph , CMetab , CMetabOld , CMIRIAMInfo , CModel , CModelEntity , CModelParameter , CModelParameterGroup , CModelParameterSet , CModelValue , CModification , CMoiety , CPlotItem , CPlotSpecification , CReaction , CReference , CReportDefinition , CSlider , CUndoObjectInterface , CUnitDefinition
• applyDefaults() : CCopasiSpringLayout::Parameters
• applyExponent() : CSBMLunit
• applyInitialValues() : CMathContainer , CMathEvent::CTrigger::CRootProcessor , CModel
• applyInverseExponent() : CSBMLunit
• applyPivot() : CMatrix< CType > , CVectorCore< CType >
• applyRowPivot() : CLinkMatrix
• applyStoichiometricExpressions() : SBMLImporter
• applyStyleToCopasiItem() : SEDMLImporter
• applyTo() : CLayoutState
• applyToModelState() : ResultData
• applyToModelStateFromOptTask() : ResultData
• applyUpdateSequence() : CMathContainer , COutputHandler
• arccot() : CEvaluationNodeFunction
• arccsc() : CEvaluationNodeFunction
• arcsec() : CEvaluationNodeFunction
• areApproximatelyEqual() : SBMLImporter
• areEqualFunctions() : SBMLImporter
• areEqualSubtrees() : SBMLImporter
• areObjectsConstant() : CMathContainer
• areRulesUnique() : SBMLImporter
• areSBMLUnitDefinitionsIdentical() : SBMLUnitSupport
• argbToRgba() : SEDMLUtils
• array() : CDataArray , CMathHistoryCore , CMatrix< CType > , CVectorCore< CType >
• asech() : CEvaluationNodeFunction
• assembleSubTreeForMassAction() : CODEExporter
• assertGroup() : CCopasiParameterGroup
• assertParameter() : CCopasiParameterGroup
• assignData() : CDataValue
• assignDefault() : CCopasiParameter
• assignGroupContent() : CModelParameterGroup
• AssignmentHandler() : AssignmentHandler
• assignReportDefinitions() : SEDMLImporter
• assignSBMLIdsToReactions() : CSBMLExporter
• assignSetContent() : CModelParameterSet
• assignValidValues() : CCopasiParameter
• assignValue() : CCopasiParameter
• attachNode() : CCopasiTree< _Node >
• autoexcept() : copasi::autoexcept
• autoSave() : CDataModel
• autoscale() : ValueScale
• averageDivergence() : CLyapTask
• CAbstractLayoutInterface() : CAbstractLayoutInterface
• CAction() : CMathEventQueue::CAction
• CalculateKernel() : CBitPatternMethod , CBitPatternTreeMethod
• CalculateLNA() : CLNAMethod
• CalculateMCA() : CMCAMethod
• CallParameterHandler() : CallParameterHandler
• CAnalyticsMethod() : CAnalyticsMethod
• CAnalyticsProblem() : CAnalyticsProblem
• CAnalyticsTask() : CAnalyticsTask
• CAnnotation() : CAnnotation
• CArray() : CArray
• CArrayElementReference() : CArrayElementReference
• CAssignment() : CMathEvent::CAssignment