- r -

• CCopasiReportSeparator() : CCopasiReportSeparator
• Cr250() : Cr250
• CRadau5() : CRadau5
• CRadau5Method() : CRadau5Method
• CRandom() : CRandom
• CRandomSearch() : CRandomSearch
• CRaptorInit() : CRaptorInit
• CRDFGraph() : CRDFGraph
• CRDFLiteral() : CRDFLiteral
• CRDFNode() : CRDFNode
• CRDFObject() : CRDFObject
• CRDFParser() : CRDFParser
• CRDFPredicate() : CRDFPredicate
• CRDFSubject() : CRDFSubject
• CRDFTriplet() : CRDFTriplet
• CRDFUtilities() : CRDFUtilities
• CRDFWriter() : CRDFWriter
• CReaction() : CReaction
• CReactionInterface() : CReactionInterface
• CReactionParameter() : CReactionParameter
• CReactionResult() : CReactionResult
• CReadConfig() : CReadConfig
• CRealProblem() : CRealProblem
• CRecentFiles() : CRecentFiles
• CReference() : CReference
• CRegisteredCommonName() : CRegisteredCommonName
• CReport() : CReport
• CReportBody() : CReportBody
• CReportDefinition() : CReportDefinition
• CReportDefinitionVector() : CReportDefinitionVector
• CReportTable() : CReportTable
• CResult() : CCopasiTask::CResult
• CRootContainer() : CRootContainer
• CRootFinder() : CRootFinder
• CRootProcessor() : CMathEvent::CTrigger::CRootProcessor
• CRungeKutta() : CRungeKutta
• r250() : Cr250
• r250n() : Cr250
• r8_hypot() : CPraxis
• r8_uniform_01() : CPraxis
• r8mat_prC_INT32() : CPraxis
• r8mat_prC_INT32_some() : CPraxis
• r8mat_transpose_in_place() : CPraxis
• r8vec_copy() : CPraxis
• r8vec_max() : CPraxis
• r8vec_min() : CPraxis
• r8vec_norm() : CPraxis
• r8vec_prC_INT32() : CPraxis
• RadialGradientHandler() : RadialGradientHandler
• randomIHat() : CStochasticRungeKuttaRI5
• randomITilde() : CStochasticRungeKuttaRI5
• randomize() : CCopasiSpringLayout , COptMethodSS
• randomizeStartValues() : COptProblem
• raw() : CDataValue
• reachedStdDeviation() : COptMethodPS
• ReactantLink() : ReactantLink
• ReactionAnnotation() : ReactionAnnotation
• ReactionGlyphHandler() : ReactionGlyphHandler
• ReactionHandler() : ReactionHandler
• reactionInvolvesCompartment() : CModelAdd
• ReactionModification() : ReactionModification
• reactionTypeToEnum() : CCellDesignerImporter
• read() : CExperiment
• readColumnNames() : CExperiment
• readIntoSet() : CLStyle
• readItems() : ResultParser
• readLine() : CTableRow
• readListOfLayouts() : SBMLDocumentLoader
• readSBML() : SBMLImporter
• readSEDML() : SEDMLImporter
• readValues() : ResultParser
• readVersionXML() : CModelVersionHierarchy
• reconstructProvenanceEntityNameMap() : CProvenanceXMLWriter
• record() : CUndoStack
• recordData() : CDataModel
• RectangleHandler() : RectangleHandler
• recursion() : CSBMLunitInterface
• recursionDivide() : CSBMLunitInterface
• recursionEqual() : CSBMLunitInterface
• recursionPiecewise() : CSBMLunitInterface
• recursionPower() : CSBMLunitInterface
• recursionTimes() : CSBMLunitInterface
• reDimensionalize() : CDataArray
• redo() : CUndoStack
• reduce() : CTableauLine
• reflect() : COptMethod
• refresh() : CExpression
• refreshActiveParameterSet() : CModel
• refreshAggregateValidity() : CDataObject
• refreshAmount() : CMoiety
• refreshDependentNumber() : CMoiety
• refreshFromModel() : CModelParameter , CModelParameterGroup , CModelParameterSet
• refreshInitialValue() : CMoiety
• refreshValue() : CMoiety
• registerExpression() : CJitCompiler
• registerHandler() : CRegisteredCommonName
• registerMethods() : Copasi2SBMLTranslator
• registerUpdateSequence() : CMathContainer
• relativeDifferenceOfStates() : CAnalyticsTask , CCrossSectionTask
• release() : CContext< Data > , CJitExpression
• relocate() : CMathContainer , CMathDelay , CMathDependencyGraph , CMathDependencyNode , CMathEvent::CAssignment , CMathEvent::CTrigger::CRootProcessor , CMathEvent::CTrigger , CMathEvent , CMathExpression , CMathObject , CMathReaction
• relocateObject() : CMathContainer
• relocateObjectSet() : CMathContainer
• relocateUpdateSequence() : CMathContainer
• relocateValue() : CMathContainer
• relocateVector() : CMathContainer
• rememberStartValue() : COptItem
• rememberStartValues() : COptProblem
• remove() : CCopasiParameterGroup , CDataContainer , CDataVector< CType > , CDataVectorN< CType > , CDirEntry , CFunctionParameters , CKeyFactory::HashTable , CKeyFactory , CMathDependencyNode , CModelParameterGroup , CSparseMatrix , CStateTemplate , CUndoData::CChangeSet , CUndoData , CUnitDefinitionDB , CValidity
• removeAction() : CMathEventQueue
• removeAnalysisEvent() : CMathContainer
• removeAnalysisObject() : CMathContainer
• removeBiologicalDescription() : CMIRIAMInfo
• removeCallParameter() : CFunctionParameterMap
• removeCharactersFromString() : SEDMLUtils
• removeChild() : CCopasiNode< _Data > , CEvaluationNodeCall , ConverterASTNode
• removeColorDefinition() : CLRenderInformationBase
• removeColumn() : CStepMatrix
• removeCompartment() : CModel
• removeCOPASIkey() : SBMLReference
• removeCreator() : CMIRIAMInfo
• removeCrossValidation() : CFitItem
• removeCurrentLayout() : CCellDesignerImporter
• removeCurveElement() : CLRenderCurve
• removeDatamodel() : CRootContainer
• removeDataObject() : CMathContainer , CModel
• removeDependent() : CMathDependencyNode
• removeDependentModelObjects() : CModel
• removeDeterministicReaction() : CHybridMethod
• removeEdge() : CRDFNode
• removeElement() : CLPolygon
• removeEmptyNodes() : CRDFGraph
• removeEvent() : CAnalyticsTask , CCrossSectionTask , CModel
• removeExperiment() : CExperimentSet , CFitItem
• removeFiles() : CDirEntry
• removeFromSelection() : CLLayoutRenderer
• removeFunction() : CFunctionDB , CModel
• removeGradientDefinition() : CLRenderInformationBase
• removeInitialAssignment() : CSBMLExporter
• removeInterface() : COutputHandler
• removeInvalidColumns() : CStepMatrix
• removeInvalidExperiments() : CExperimentFileInfo
• removeIssue() : CDataObject
• removeKey() : CLLocalStyle
• removeKeyFromMap() : CLRenderResolver
• removeLastExperiments() : CExperimentFileInfo
• removeLayout() : CDataModel
• removeLine() : CTableauMatrix
• removeLineEnding() : CLRenderInformationBase
• removeLocalReactionParameter() : CModel
• removeMetabolite() : CModel
• removeMetaDataProperty() : CUndoData
• removeModelEntity() : CModel
• removeModelValue() : CModel
• removeModification() : CMIRIAMInfo
• removeNode() : CCopasiTree< _Node >
• removeObject() : CMathDependencyGraph
• removeOptConstraint() : COptProblem
• removeOptItem() : COptProblem
• removeParameter() : CCopasiParameterGroup
• removeParameterCN() : CTimeSensProblem
• removePendingAction() : CMathEvent
• removePlotSpec() : COutputDefinitionVector
• removePrerequisite() : CMathDependencyGraph , CMathDependencyNode
• removeProperty() : CData , CUndoData
• removeReaction() : CModel
• removeReference() : CDataObject , CMIRIAMInfo
• removeReportDefinition() : CReportDefinitionVector
• removeRole() : CLStyle
• removeRule() : CSBMLExporter
• removeSBMLid() : SBMLReference
• removeSBMLIdFromFunctions() : CDataModel
• removeScanItem() : CScanProblem
• removeSibling() : CCopasiNode< _Data >
• removeSpecies() : CModelParameterCompartment
• removeStochReaction() : CIndexedPriorityQueue
• removeSymbolFromUnit() : CUnit
• removeTargetCN() : CTimeSensProblem
• removeTriplet() : CRDFGraph
• removeTripletFromGraph() : CRDFNode
• removeType() : CLStyle
• removeUnsupportedAnnotation() : CAnnotation
• removeUnusedFunctions() : SBMLImporter
• removeUnusedObjects() : CSBMLExporter
• removeVariables() : CSensProblem
• Rename() : CRegisteredCommonName::Rename
• renameMassActionParameters() : SBMLImporter
• RenderCurveElementHandler() : RenderCurveElementHandler
• RenderCurveHandler() : RenderCurveHandler
• RenderInformationHandler() : RenderInformationHandler
• RenderTextHandler() : RenderTextHandler
• reorder() : CStateTemplate
• reparameterizeFromIniFile() : CDataModel
• rePartition() : CTrajectoryMethodDsaLsodar::CPartition
• replace_delay_nodes() : SBMLImporter
• replace_local_parameters() : CSBMLExporter
• replace_name_nodes() : SBMLImporter
• replace_time_with_initial_time() : SBMLImporter
• replaceAmountReferences() : SBMLImporter
• replaceCallNodeNames() : SBMLImporter
• replaceChild() : CSBMLExporter
• replaceCnInGroup() : CDataModel
• replaceDiscontinuousNode() : CMathContainer
• replaceExponentInExpression() : CUnit
• replaceInCompartment() : CModelExpansion
• replaceInEvent() : CModelExpansion
• replaceInExpression() : CModelExpansion
• replaceInExpressions() : CModel
• replaceInMetab() : CModelExpansion
• replaceInModel() : CModelExpansion
• replaceInModelEntity() : CModelExpansion
• replaceInReaction() : CModelExpansion
• replaceL1IncompatibleNodes() : CSBMLExporter
• replaceLog() : SBMLImporter
• replaceLogicOperators() : CMathMLToTeX
• replaceMathOperators() : CMathMLToTeX
• replaceObjectNames() : SBMLImporter
• replaceOtherOperators() : CMathMLToTeX
• replacePowerFunctionNodes() : SBMLImporter
• replaceRoot() : SBMLImporter
• replaceSpeciesReferences() : CSBMLExporter
• replaceStringInPlace() : CCellDesignerImporter
• replaceSymbol() : CRootContainer , CUnit , CUnitDefinitionDB , CUnitParserBase
• replaceTimeAndAvogadroNodeNames() : SBMLImporter
• replaceTimeDependentFunctionCalls() : SBMLImporter
• replaceTimeNodesInFunctionDefinition() : SBMLImporter
• replaceTrigoOperators() : CMathMLToTeX
• replaceUnsupportedAnnotation() : CAnnotation
• replicate() : COptMethodDE , COptMethodEP , COptMethodGA , COptMethodGASR , COptMethodSRES
• reportCurrentProgressOrStop() : CSBMLExporter , SBMLImporter
• ReportDefinitionHandler() : ReportDefinitionHandler
• ReportSectionHandler() : ReportSectionHandler
• ReportTargetHandler() : ReportTargetHandler
• requestStop() : CLayoutEngine
• reset() : BarColor , CMathDependencyNode , COptProblem , CProcessReport , CScanItem
• resetConstraintViolation() : CFitConstraint
• resetCounters() : COptProblem
• resetItem() : CProcessReport , CProcessReportLevel
• resetNoise() : CMathContainer
• resetRange() : CSlider
• resetState() : CInternalSolver , CLsodaMethod2 , CLsodaMethod , CRadau5Method , CTimeSensLsodaMethod
• resetValue() : CSlider
• resize() : CArray , CCallParameters< Type > , CDataArray , CDataVector< CType > , CDependencyGraph , CLLayoutRenderer , CMathContainer , CMathHistory , CMatrix< CType > , CSparseMatrix , CStateTemplate , CTableRow , CVector< CType >
• resizeAllMatrices() : CLNAMethod , CMCAMethod
• resizeCoordSys() : CQBarChart
• resizeOneDimension() : CDataArray
• resizeToContents() : CConfigurationFile
• resolve_color() : CLLayoutRenderer
• resolve_text() : CLLayoutRenderer
• resolveCN() : CReaction
• resolveDatagenerator() : SEDMLUtils
• resolveFunctionName() : CSBMLunitInterface
• resolveModelFile() : SEDMLImporter
• resolveStyle() : CLRenderResolver
• resolveStyleForKey() : CLRenderResolver
• resolveStyleForRole() : CLRenderResolver
• resolveStyleForType() : CLRenderResolver
• resolveVariable() : SEDMLUtils
• resolveVariableName() : CSBMLunitInterface
• resolveXPath() : SEDMLUtils
• restart() : CRootFinder
• restore() : CAnalyticsTask , CCopasiProblem , CCopasiTask , CCrossSectionTask , CFitProblem , COptProblem , CScanProblem , CSensMethod , CSteadyStateTask
• restore_current_attributes() : CLLayoutRenderer
• restore_local_parameters() : CSBMLExporter
• restoreFunctionDB() : SBMLImporter , SEDMLImporter
• restoreValue() : CScanItem
• restoreVersion() : CModelVersionHierarchy
• Result() : CFunctionAnalyzer::Result
• resultAvailable() : CLyapTask
• ResultData() : ResultData
• resultHasDivergence() : CLyapTask
• retrieveSelectedObject() : CAnalyticsProblem
• returnProcess() : CSteadyStateMethod
• reverse() : CChemEqInterface , CReactionInterface
• revert_curve() : CLLayoutRenderer
• rewind() : CReadConfig
• rgamma() : CEvaluationNodeFunction
• rgbaToArgb() : SEDMLUtils
• rightChild() : CIndexedPriorityQueue
• rightMultiply() : CLinkMatrix
• rightPrecedence() : CNodeK
• rnormal() : CEvaluationNodeFunction
• rootsFound() : CMathEventQueue
• rootValue() : CRungeKutta , CStochDirectMethod
• rotate() : CCellDesignerImporter
• rotate_left() : Cmd5
• round() : SBMLImporter , SEDMLImporter
• row() : CSparseMatrixElement
• rows() : CMathHistoryCore
• RowScale() : RowScale
• rpoisson() : CEvaluationNodeFunction
• rtrim() : ResultParser
• run() : COscillationMethod , COscillationMethodIntegrate
• rungeKutta() : CHybridNextReactionRKMethod
• runiform() : CEvaluationNodeFunction